Fundación Colegio UIS nació como un proyecto de la Universidad Industrial de Santander el 18 de agosto de 1970, con el fin de ofrecer educación de preescolar y primaria a los hijos del personal, sin embargo, luego se consideró la posibilidad de aceptar gente externa a la institución.
Un año después de esto, el colegio inició funcionamiento en una casa arrendada en la Cra 23 No. 33-73 gracias a que el Fondo de Ahorros de la UIS dio un capital inicial que permitió el desarrollo en sus comienzos, donde participaron 19 estudiantes de los grados prekinder a primero, con el apoyo de las profesoras Gerda Erika Seinz de posso, Gilda Bustamante y Elvira Serrano de Báez.
En los próximos cuatro años el colegio siguió funcionando con normalidad hasta que en el año 1975 decidieron mudarse a una casa arrendada en el barrio de Los Pinos. En el año 1998 se decidió iniciar la construcción de la sede de secundaria en Ruitoque bajo, a la que luego también se anexarían las sedes de preescolar y primaria. Para el año 1981, ya se habían abierto nuevos cursos hasta llegar al grado undécimo, por lo que en este mismo salió la primera promoción de bachilleres.
Desde ese momento, el colegio ha cambiado su infraestructura inicial para dar paso a diferentes áreas de desarrollo, desde la construcción de un coliseo de usos múltiples, salas de música, audiovisuales y danzas; laboratorios, una cancha sintética, un parqueadero, hasta su más reciente edificio: preescolar explora, donde los más pequeños tienen un amplio espacio para aprender mientras se divierten. Además de que en el año 2015 se realizó una reforma antisísmica en su estructura.
Hasta la fecha, de la institución se han graduado 38 promociones, y FCUIS ha sido en Colombia ejemplo de academia, servicio y unión.
